熒光磁粉探傷機的深度一般不超過1-2mm，但對于埋藏較深的缺陷很難工作。熒光磁粉探傷機不能檢測奧氏體不銹鋼材料和用奧氏體不銹鋼焊條焊接的焊縫，熒光磁粉探傷機不能檢測銅、鋁、鎂、鈦等非磁性材料。馬氏體不銹鋼和沉淀硬化不銹鋼具有磁性，可以進行磁粉檢測。
熒光磁粉探傷機檢測缺陷時，靈敏度與磁化方向有很大關系。如果缺陷方向平行于磁化方向，則難以出現與工件表面夾角小于20度的缺陷。此外，表面上的淺劃痕、深埋的孔洞、鍛造的褶皺等。不容易被發現。
如果工件表面有涂層、油漆層、噴丸層等。熒光磁粉探傷機會對磁粉檢測靈敏度產生負面影響。蓋層越厚，影響越大。由于工件的磁化主要是通過電流產生的磁場來實現的，所以大型工件往往需要較大的電流，一些磁化后剩磁較大的工件也需要退磁。